Борис Немцов мог быть убит, чтобы спровоцировать следствие против кого-то из кадыровцев.
Такое мнение высказал российский оппозиционер Михаил Ходорковский. По его словам, убийство Немцова могло быть совершено силовиками, в результате чего рассчитывали устранить неугодных кадыровцев. Ходорковский заявил, что он не настаивает на своей версии, так как не располагает доказательствами, но уверен в ее правдоподобности на 80%, что для него самого вполне достаточно. Также, Ходорковский заявил, что решение принимали какие-то конкретные люди, приближенные к Кадырову. Называть какие-либо имена оппозиционер отказался, объяснив, что советовался с людьми, которые имеют право решать, что стоит говорить вслух, а с чем лучше не торопиться, и его попросили помолчать. Ходорковский уточнил, что молчать его просили люди близкие к Немцову и заинтересованные в том, чтобы следствие было завершено, а виновные наказаны.
Ранее высказывалась версия о том, что Немцов был убит боевиками Кадырова, но по приказу Путина.